1、龙头企业带动能力弱
虽然目前我国农业产业化经营组织已达66000多个，但龙头企业没有摆脱“小、散、低、弱”状态。大部分组织的龙头企业还是小企业，经营规模小，经济实力弱，辐射面狭窄，带动能力不强，缺乏抵御市场风险和自然风险的能力。龙头企业的科技含量普遍较低，科技投入少，在农产品精加工、包装、营销、品牌管理等方面缺乏有力的技术支撑。龙头企业的弱小直接影响了农产品的加工转化率。目前，初加工农产品比较多，精深加工的产品少。加工产品技术含量低，更缺乏有竞争力的名牌产品，品牌效应尚未形成。
2、主导产业缺乏长远发展能力
尽管各地在发展农业产业化经营时，都确定了一些主导产业，但多是小规模、不成批量的产业，规模较大、竞争力强的支柱性的主导产业较少。有的地方由于龙头企业重复建设，农产品区域布局不合理，基地生产缺乏规模，资源优势发挥不够。更有部分地区由于信息滞后，或没有结合自身实际、从自身优势出发，在确立主导产业中存在趋同性，缺乏特色，缺乏与市场的紧密联系，导致了主导产业不能发挥在农业结构调整中的主导作用。
3、组织化程度较低
分散众多的农户直接面对竞争激烈的市场，没有联合起来的强有力组织保护，农户切身利益的维权呼声因势单力薄而被市场变化的浪涛吞没，组织化程度低使农民难以在新阶段得到生存和发展。另外，农业科技教育现状、农民素质、农业的基础设施建设和农业在国民经济格局中的地位等方面，也都与新阶段农业发展的要求不相适应。
4、利益机制不完善
利益机制是农业产业化的核心。完善的利益机制是农业产业化持续发展的内在动力。一方面，龙头企业扶持生产的机制没有健全，加工、运销企业不能自觉地扶持生产，不能自觉地为生产环节提供资金、技术等各项服务，不能自觉地让利于农;另一方面，龙头企业与农户双方普遍没有结成风险共担、利益共享、互助协作、联动发展的关系，因而不能做到同甘共苦，不能形成长久的互惠互利的合作关系。
